Die Kirche des Mechitaristenklosters ist ein Nachgängerbau der ehemaligen Franziskanerkirche, welche in den Jahren 1600-1603 unter dem Patrozimium der Gottesmutter erbaut worden war. Während der Türkenbelagerung 1683 wurde sie zerstört, um 1684 durch Graf von Serényi wieder errichtet. Nach dem Einzug der Mechitharisten wurde die bestehende Kirche umgestaltet und verändert. Sie wurde 1835 ein Raub der Flammen. Der von Joseph Kornhäusel geplante Neubau verzögerte sich und wurde erst 1871 in Angriff genommen.
Mit der Ausführung wurde nun Fritz Sitte bedacht, welcher sich am Stil des Trecento orientierte. Sein Sohn Camillo setzte es durch, dass die Kirche nicht wie geplant im Stil des romanischen Historismus, sondern der italienischen Frührenaissance erbaut wurde. Im Jahre 1874 war die Kirche Maria Schutz fertig gestellt. Ihre auffallend schmale, eigenwillige mit großen hellen Backsteinen gebaute und rustifizierte Doppelturmfassade ist gegen die Neustiftgasse gerichtet. Der Mittelteil der Kirche tritt deutlich zwischen den beiden schlanken Türmen hervor und besticht durch das sehr reich mit Ornamenten verzierte Rundbogenportal.
Dieses wird von einem Aufsatz mit gesprengtem Giebel gekrönt, in dem ein goldenes Kreuz steht, welches sich neben der hölzernen Tür als einziges nicht mauerfarbenes Element vom Rest der Fassade abhebt. Gegliedert wird die Fassade grundsätzlich von Gesimse und unauffälligen Pilastern mit dezenten Kapitellen. Der Giebelaufsatz mit seinen glatten Flächen verleiht der ansonsten einheitlichen Erscheinung der Fassade einen gewissen Kontrast. Das Innere der Kirche ist erstaunlich reich ausgestattet, was das Resultat außerordentlicher Bemühungen des Architekten Sitte ist. Dieser zog für die Gestaltung bedeutende Künstler hinzu. So stammt der Altaraufsatz von Heinrich Ferstel und der neoklassizistische Seitenaltar von Theophil Hansen. Die Wandmalereien (Sitte) und das Altarbild Maria Schutz (Josef Kleinert) wurden erst um 1901 zum 200. Jubiläum der Ordensgründung hinzugefügt. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde die Kirche renoviert, wobei die Decken- und Wandmalereien bis auf ein Fresko verschwanden. Das Christusmosaik über dem Eingang zur Sakristei stammt aus dem Jahr 1960.
